Bergabung pertama kali dengan Pelatnas pada tahun 2002, Hendra pernah membuat keputusan serupa yaitu meninggalkan Pelatnas PBSI pada tahun 2009. Alasannya ketika itu atas dasar kesetiakawanan dengan Markis Kido. Ketika itu, Kido rekan duetnya meraih medali emas di Olimpiade Beijing 2008 memutuskan untuk meninggalkan pelatnas karena terlibat sebuah konflik dengan pengurus PBSI.
Hendra sebenarnya bisa bertahan pada saat itu, namun ia memilih untuk meninggalkan Pelatnas bersama Kido. Pada tahun 2012, Hendra menyadari waktunya dengan Kido telah habis. Kegagalan lolos ke Olimpiade 2012 adalah sinyal kuat mereka harus berpisah. Hendra pun memutuskan untuk kembali ke Pelatnas PBSI. Hendra masih percaya bahwa dirinya masih memiliki potensi untuk meraih banyak gelar dan medali. Tahun 2012 Hendra kembali ke Pelatnas dan menjadi awal dirinya berpasangan dengan Mohammad Ahsan.
Bersama Ahsan, Hendra pernah meraih gelar juara diantaranya di turnamen All England, Asian Games dan Juara Dunia sebanyak dua kali. Bersama Ahsan, mereka menjadi pasangan yang tidak tergantikan. Mereka selalu konsisten dipasangkan untuk membela tim Merah Putih.
Kini keputusan besar telah ia ambil. Keputusan ini mungkin akan berbeda dengan keputusan sebelumnya untuk meninggalkan Pelatnas. Keputusan ini ia ambil bukan semata tentang karirnya saja. Hendra menginginkan regenerasi di sektor ganda putra bisa berjalan dengan maksimal.
Hendra mengaku sudah memikirkan dengan matang mengenai keputusannya ini. Ia pun sudah berdiskusi dengan keluarga, pelatih, hingga mantan pasangannya, Mohammad Ahsan. Turnamen China Open dan Hongkong Open akan menjadi turnamen terakhir Hendra bersama Pelatnas. Hendra sendiri akan berpasangan dengan Berry Angriawan di dua turnamen ini.
Selepas meninggalkan Pelatnas, Hendra tidak sepenuhnya akan berhenti dari olahraga yang telah membesarkan namanya tersebut. Hendra akan melanjutkan menjadi pemain profesional. Mengenai pasangan yang akan berduet dengannya, Hendra mengaku belum memiliki calon pasti. Hendra menambahkan bahwa ada kemungkinan dirinya akan berpasangan dengan pemain asing. Sementara nama Tan Boon Heong menjadi nama yang paling kencang berhembus untuk berpasangan dengan Hendra Setiawan selanjutnya. Siapakah kira-kira yang akan menemani petualangan seorang Hendra Setiawan?
