Pada 1 Desember 2023, pria yang akrab disapa Jojo ini menikah dengan Shania Junianatha. Meski telah berkeluarga dengan eks anggota grup vokal JKT48 itu, Jojo tetap berkomitmen untuk menjalani profesinya sebagai pemain bulu tangkis.

Kompas pada Jumat (8/12) melaporan, bentuk komitmen Jojo ditunjukkan dengan latihan di pelatnas yang tetap dijalani menjelang pernikahan dan dua hari setelah menikah. Apalagi, peraih medali emas tunggal putra Asian Games Jakarta-Palembang 2018 ini akan tampil dalam turnamen final BWF World Tour di Hangzhou, China, 13-17 Desember.

"Bulan madunya ditunda setelah Final BWF. Saya juga sudah diskusi dengan Shania akan tetap tinggal di asrama sampai Olimpiade Paris 2024," ungkap Jojo.

"Pulang hanya pas hari libur latihan Rabu siang dan Sabtu-Minggu," tambah atlet asal klub PB Tangkas itu.

Bersama Anthony Sinisuka Ginting, Jojo memiliki kans untuk lolos ke Olimpiade Paris 2024, 26 Juli-11 Agustus. Pada Olimpiade Tokyo 2020, Jonatan kalah dari Shi Yu Qi (China) pada babak kedua. Ia dan juga Anthony menjadi wakil "Merah Putih" pada final BWF WTF 2023.